## net.sf.picard.metrics.StringHeader # net.sf.picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=chart.txt INPUT=ler_0_A.bam OUTPUT=insert.ler.txt DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## net.sf.picard.metrics.StringHeader # Started on: Fri Jan 20 16:15:44 GMT 2012 ## METRICS CLASS net.sf.picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 264 69 1 30347975 295.54779 99.708744 49154233 FR 27 51 75 99 139 259 283 297 313 133145 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 1 36 2 71 3 69 4 77 5 75 6 86 7 94 8 95 9 107 10 122 11 119 12 169 13 197 14 282 15 419 16 558 17 752 18 1123 19 1458 20 1879 21 2111 22 2359 23 2592 24 2692 25 2721 26 2944 27 3158 28 3171 29 3208 30 3243 31 3170 32 3183 33 3188 34 3220 35 3312 36 3425 37 5250 38 5627 39 5811 40 6211 41 6692 42 6986 43 7331 44 7936 45 8174 46 8660 47 9178 48 9621 49 9865 50 10472 51 10815 52 12154 53 12662 54 12933 55 13464 56 13930 57 14271 58 14529 59 15144 60 15366 61 15897 62 16144 63 16359 64 16877 65 16992 66 17155 67 17440 68 17554 69 18074 70 18152 71 18667 72 18655 73 19113 74 19409 75 19554 76 19868 77 20037 78 20304 79 20461 80 20808 81 21147 82 21204 83 21462 84 21791 85 21698 86 22132 87 22181 88 22649 89 22768 90 22798 91 23106 92 23085 93 23222 94 23462 95 23545 96 23718 97 23605 98 24076 99 23786 100 24270 101 24467 102 24167 103 24326 104 24727 105 24673 106 24519 107 24901 108 25214 109 25097 110 24915 111 25338 112 25711 113 25560 114 25584 115 25850 116 25791 117 26347 118 26554 119 26578 120 26676 121 26830 122 27084 123 26930 124 27629 125 27667 126 27622 127 28244 128 28331 129 28374 130 28500 131 28962 132 29425 133 29917 134 30378 135 31550 136 31745 137 32809 138 33204 139 33942 140 34814 141 35931 142 36910 143 37426 144 38182 145 38997 146 39199 147 40071 148 40989 149 41464 150 42359 151 42771 152 42410 153 42816 154 43167 155 43373 156 43616 157 43798 158 43814 159 44697 160 44815 161 44917 162 45410 163 45366 164 45967 165 45700 166 45927 167 46146 168 46581 169 46630 170 47417 171 47727 172 48034 173 48691 174 49180 175 49915 176 50690 177 51395 178 52858 179 53851 180 55535 181 56778 182 57829 183 60058 184 62512 185 64693 186 67502 187 70533 188 74093 189 77834 190 83022 191 88295 192 93900 193 100837 194 107853 195 115798 196 124176 197 134745 198 144342 199 155323 200 166734 201 178824 202 191486 203 203465 204 215728 205 230100 206 241964 207 254292 208 267579 209 279430 210 289884 211 300159 212 309658 213 319554 214 324998 215 331451 216 338553 217 344577 218 347997 219 348436 220 350703 221 351234 222 354390 223 353285 224 351997 225 349687 226 349377 227 348241 228 348199 229 345999 230 342759 231 341758 232 339157 233 336052 234 332707 235 328795 236 325182 237 324303 238 323534 239 320223 240 317395 241 314693 242 312113 243 310023 244 306556 245 301090 246 298563 247 295526 248 292346 249 288888 250 284640 251 278379 252 273381 253 268826 254 262729 255 256177 256 249568 257 242662 258 235949 259 228454 260 221482 261 214045 262 205382 263 197460 264 190254 265 183182 266 175056 267 167329 268 160885 269 155316 270 147899 271 141226 272 136595 273 130598 274 125855 275 120782 276 117791 277 113222 278 111015 279 107052 280 104036 281 101337 282 99189 283 95908 284 94086 285 91914 286 90187 287 87866 288 85872 289 83523 290 82136 291 79622 292 77685 293 75604 294 73865 295 71987 296 70628 297 69136 298 67020 299 65924 300 63660 301 62012 302 60206 303 59142 304 57095 305 55874 306 53953 307 52610 308 51954 309 50535 310 49345 311 48215 312 46774 313 45344 314 44034 315 42918 316 41596 317 39437 318 37065 319 34535 320 31960 321 28925 322 26554 323 25111 324 24064 325 22888 326 22572 327 22208 328 21913 329 20946 330 20149 331 19665 332 18850 333 18164 334 17158 335 16485 336 15651 337 14560 338 13794 339 13045 340 12682 341 12051 342 11598 343 11127 344 10849 345 10603 346 10214 347 10041 348 9771 349 9560 350 9499 351 9335 352 9243 353 9162 354 8878 355 8644 356 8669 357 8302 358 8129 359 7963 360 7818 361 8072 362 8254 363 8370 364 8530 365 8731 366 9124 367 9621 368 9802 369 10316 370 10912 371 11563 372 12331 373 13121 374 14030 375 15529 376 17283 377 18974 378 21485 379 24324 380 28227 381 33053 382 39256 383 46236 384 55011 385 65367 386 76494 387 90224 388 104442 389 120185 390 137035 391 155769 392 175609 393 195696 394 217168 395 239930 396 265236 397 291826 398 320789 399 352033 400 383304 401 422414 402 456092 403 496494 404 537141 405 572923 406 611540 407 643885 408 667313 409 697036 410 710749 411 712018 412 709267 413 706800 414 683605 415 668610 416 633020 417 602082 418 560345 419 511333 420 465837 421 409893 422 356100 423 303459 424 254456 425 209097 426 166771 427 131669 428 102875 429 79176 430 60576 431 46550 432 36074 433 28363 434 22455 435 18541 436 15427 437 13114 438 11661 439 10291 440 9155 441 8506 442 7998 443 7562 444 7050 445 6587 446 6319 447 5984 448 5791 449 5453 450 5056 451 4847 452 4476 453 4277 454 3918 455 3657 456 3592 457 3413 458 3191 459 3141 460 2871 461 2834 462 2631 463 2501 464 2381 465 2335 466 2210 467 2058 468 1977 469 1918 470 1836 471 1796 472 1701 473 1702 474 1595 475 1195 476 1173 477 1059 478 1014 479 997 480 994 481 929 482 916 483 901 484 917 485 816 486 831 487 820 488 785 489 802 490 795 491 765 492 773 493 748 494 723 495 684 496 607 497 650 498 674 499 632 500 608 501 520 502 562 503 516 504 581 505 520 506 504 507 521 508 474 509 489 510 447 511 421 512 455 513 392 514 400 515 385 516 397 517 411 518 381 519 382 520 350 521 369 522 365 523 358 524 357 525 368 526 356 527 351 528 327 529 327 530 316 531 338 532 338 533 306 534 298 535 327 536 300 537 322 538 307 539 302 540 312 541 308 542 325 543 320 544 320 545 262 546 283 547 331 548 319 549 323 550 347 551 367 552 383 553 351 554 341 555 408 556 388 557 370 558 334 559 373 560 356 561 348 562 358 563 401 564 368 565 372 566 350 567 374 568 348 569 356 570 349 571 361 572 350 573 347 574 348 575 327 576 311 577 320 578 329 579 307 580 314 581 321 582 315 583 278 584 319 585 333 586 295 587 302 588 301 589 291 590 290 591 288 592 262 593 254 594 259 595 257 596 245 597 261 598 246 599 253 600 249 601 259 602 243 603 247 604 246 605 239 606 254 607 240 608 230 609 190 610 249 611 200 612 213 613 225 614 218 615 245 616 227 617 205 618 216 619 221 620 235 621 215 622 206 623 208 624 223 625 208 626 219 627 202 628 196 629 202 630 195 631 219 632 207 633 222 634 214 635 201 636 211 637 214 638 229 639 210 640 222 641 223 642 213 643 217 644 234 645 209 646 238 647 259 648 209 649 214 650 212 651 237 652 248 653 232 654 201 655 234 656 221 657 215 658 210 659 209 660 220 661 229 662 215 663 206 664 209 665 198 666 222 667 190 668 204 669 215 670 185 671 179 672 189 673 207 674 197 675 193 676 184 677 182 678 227 679 217 680 186 681 194 682 195 683 189 684 211 685 192 686 217 687 195 688 221 689 194 690 186 691 211 692 183 693 208 694 189 695 209 696 192 697 220 698 189 699 190 700 188 701 186 702 186 703 192 704 174 705 220 706 193 707 198 708 181 709 206 710 196 711 168 712 180 713 174 714 181 715 153 716 138 717 181 718 192 719 166 720 161 721 167 722 169 723 192 724 168 725 163 726 163 727 174 728 187 729 185 730 173 731 182 732 169 733 182 734 176 735 187 736 199 737 189 738 184 739 213 740 204 741 188 742 189 743 185 744 194 745 181 746 213 747 164 748 170 749 202 750 197 751 160 752 197 753 191 754 174 755 201 756 187 757 210 758 175 759 198 760 195 761 212 762 176 763 202 764 176 765 182 766 188 767 194 768 201 769 209 770 188 771 205 772 181 773 175 774 161 775 167 776 183 777 187 778 216 779 190 780 189 781 191 782 169 783 187 784 166 785 151 786 152 787 153 788 188 789 144 790 176 791 156 792 172 793 158 794 153 795 145 796 180 797 151 798 177 799 162 800 186 801 170 802 168 803 149 804 152 805 157 806 168 807 160 808 165 809 165 810 166 811 146 812 186 813 148 814 170 815 172 816 182 817 147 818 152 819 165 820 158 821 172 822 139 823 150 824 152 825 148 826 158 827 156 828 131 829 164 830 143 831 165 832 145 833 144 834 143 835 134 836 139 837 132 838 131 839 156 840 156 841 162 842 135 843 141 844 146 845 150 846 129 847 144 848 138 849 152 850 151 851 144 852 132 853 142 854 140 855 130 856 126 857 135 858 128 859 123 860 139 861 132 862 130 863 110 864 129 865 128 866 116 867 117 868 110 869 135 870 108 871 123 872 121 873 114 874 120 875 107 876 115 877 135 878 127 879 98 880 112 881 127 882 103 883 136 884 130 885 123 886 116 887 120 888 120 889 122 890 117 891 132 892 114 893 115 894 107 895 113 896 109 897 110 898 102 899 118 900 117 901 93 902 105 903 122 904 106 905 116 906 130 907 131 908 129 909 121 910 124 911 141 912 133 913 148 914 150 915 163 916 144 917 179 918 137 919 153 920 158 921 163 922 175 923 166 924 166 925 194 926 173 927 187 928 183 929 183 930 186 931 187 932 173 933 180 934 190 935 168 936 188 937 166 938 178 939 198 940 179 941 184 942 185 943 171 944 160 945 163 946 206 947 163 948 165 949 176 950 183 951 182 952 171 953 174 954 156