## net.sf.picard.metrics.StringHeader # net.sf.picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=chart.pdf MINIMUM_PCT=0.0 INPUT=mt_0_A.bam OUTPUT=insert.mt.txt DEVIATIONS=10.0 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## net.sf.picard.metrics.StringHeader # Started on: Fri Jan 20 16:42:37 GMT 2012 ## METRICS CLASS net.sf.picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 185 31 1 29908398 186.261773 48.756213 51121674 FR 13 25 37 51 63 77 95 115 155 3003 1527 113 1 30185326 272.105962 147.101949 8527374 RF 43 87 131 177 227 281 343 425 583 1129293 47966 18258 1 30058213 162.27011 128.847594 1191561 TANDEM 7577 15123 23119 30119 36517 42985 52435 115603 2719335 26700523 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count All_Reads.rf_count All_Reads.tandem_count 1 27 106 212 2 49 56 109 3 59 72 99 4 60 50 73 5 75 53 67 6 75 56 62 7 89 49 49 8 88 54 48 9 92 61 39 10 94 54 32 11 89 53 38 12 103 41 39 13 113 44 35 14 102 45 32 15 115 39 45 16 154 46 37 17 140 47 35 18 144 55 37 19 185 48 35 20 250 54 33 21 291 43 42 22 428 46 39 23 534 48 35 24 700 56 38 25 889 36 35 26 965 45 35 27 1095 46 32 28 1180 42 45 29 1290 39 42 30 1385 52 33 31 1454 40 46 32 1560 45 36 33 1581 44 30 34 1735 37 28 35 1907 38 31 36 2070 35 28 37 2819 40 32 38 3015 36 26 39 3238 43 30 40 3382 49 21 41 3775 35 17 42 4089 33 39 43 4338 47 23 44 4880 31 29 45 5186 43 37 46 5463 37 22 47 5937 34 27 48 6139 36 20 49 6254 35 34 50 6591 38 26 51 6868 37 29 52 7292 38 24 53 7465 37 41 54 7954 41 27 55 8350 33 27 56 8582 35 36 57 8896 30 23 58 9240 30 27 59 9579 42 28 60 9703 30 19 61 10189 28 22 62 10494 28 39 63 11018 32 17 64 11496 41 24 65 12082 33 23 66 12357 25 20 67 12864 25 15 68 13595 37 26 69 13591 30 23 70 14101 27 24 71 14510 28 24 72 15249 30 29 73 15648 33 17 74 16552 24 23 75 16933 19 20 76 17635 32 28 77 18321 21 15 78 18921 33 26 79 19801 37 28 80 20534 25 27 81 21175 33 28 82 22201 32 20 83 23182 26 21 84 24249 23 35 85 25245 31 17 86 26382 24 22 87 27487 47 30 88 29159 28 29 89 30194 30 33 90 31700 37 27 91 33066 21 19 92 34796 26 31 93 37054 32 32 94 38835 34 31 95 41274 34 31 96 43860 25 34 97 46364 26 35 98 48309 41 28 99 50443 33 33 100 52831 39 29 101 55857 31 44 102 58462 38 34 103 61288 29 34 104 64731 30 29 105 68690 34 39 106 72186 29 29 107 76962 39 34 108 79984 34 39 109 84732 46 25 110 89172 27 36 111 93238 32 37 112 98216 33 38 113 103502 41 32 114 108546 44 31 115 115860 30 33 116 121520 28 29 117 128835 27 34 118 134437 36 34 119 141032 32 36 120 147123 30 37 121 152984 39 32 122 159682 39 35 123 166372 30 38 124 174646 36 35 125 183060 41 37 126 193167 31 28 127 200298 36 30 128 209701 30 37 129 218455 30 35 130 226816 45 43 131 233663 28 38 132 240296 31 41 133 248245 19 30 134 257127 40 33 135 266087 41 34 136 275872 28 25 137 285525 33 30 138 295049 27 25 139 303960 40 35 140 312097 36 35 141 319075 33 37 142 325695 37 39 143 331679 35 28 144 337466 28 39 145 344774 39 32 146 352213 33 27 147 361456 34 28 148 368383 30 29 149 374243 31 37 150 378785 28 41 151 384272 36 23 152 386601 41 28 153 390721 41 36 154 396557 45 35 155 400095 38 32 156 406763 31 32 157 411672 33 28 158 415014 29 30 159 415979 32 39 160 416498 30 37 161 417121 36 34 162 417582 34 25 163 420603 35 29 164 421408 48 21 165 422064 41 24 166 422892 40 30 167 424698 32 27 168 428378 37 22 169 428478 34 32 170 427909 40 32 171 427304 49 34 172 427454 45 35 173 426515 41 21 174 426663 46 35 175 426753 40 20 176 427037 45 28 177 428927 46 22 178 429271 36 39 179 427523 37 37 180 426862 28 26 181 424506 35 32 182 424621 36 19 183 423957 49 20 184 423222 39 23 185 421222 37 28 186 420779 34 23 187 419902 37 29 188 417165 35 24 189 415632 42 25 190 414911 34 26 191 412968 41 19 192 411234 30 19 193 411251 40 16 194 409812 39 20 195 407802 29 21 196 406694 47 20 197 403752 33 23 198 402955 33 26 199 400777 38 12 200 399283 23 29 201 397058 38 21 202 395502 39 13 203 392416 29 20 204 390429 32 21 205 387142 42 12 206 384681 37 19 207 383326 45 19 208 382030 49 15 209 380097 42 14 210 375612 29 14 211 371881 35 18 212 368316 31 14 213 364240 38 12 214 362017 40 22 215 357805 33 18 216 354356 33 15 217 351898 37 20 218 347454 46 16 219 341846 36 17 220 337683 39 15 221 333643 40 14 222 328148 27 13 223 321735 38 16 224 316218 41 8 225 311291 32 10 226 305235 30 18 227 299363 20 14 228 294767 41 16 229 288049 30 12 230 281607 32 11 231 274399 35 11 232 268020 32 10 233 260454 42 14 234 252445 31 12 235 246279 33 11 236 237743 35 12 237 231505 34 19 238 224448 28 16 239 216828 33 13 240 208697 38 13 241 200888 36 18 242 194042 31 14 243 185415 37 14 244 177885 45 12 245 169762 37 13 246 163432 28 13 247 155940 36 16 248 148442 32 5 249 142022 29 10 250 135493 38 13 251 128752 32 11 252 122422 29 9 253 115712 30 9 254 109404 38 13 255 102713 33 14 256 97134 31 8 257 91561 30 15 258 86928 42 4 259 81842 37 13 260 76606 40 12 261 72272 34 17 262 67888 30 7 263 63947 33 11 264 59772 51 6 265 56326 34 8 266 53089 37 12 267 49207 36 16 268 46393 40 9 269 43612 38 14 270 40994 30 14 271 38538 40 8 272 35959 35 13 273 33985 52 12 274 31860 43 13 275 29964 44 9 276 28361 31 11 277 26891 46 14 278 25904 38 8 279 24508 37 10 280 23941 42 11 281 22608 42 11 282 21937 36 11 283 21193 35 3 284 20461 47 7 285 20014 36 7 286 19324 42 12 287 18878 43 8 288 18328 50 7 289 17808 33 9 290 17768 47 14 291 16952 39 13 292 16896 37 7 293 16330 40 14 294 16309 42 13 295 15906 44 6 296 15832 38 8 297 15981 47 6 298 15755 41 9 299 15447 44 10 300 15434 47 16 301 15144 54 6 302 15045 46 11 303 14677 46 5 304 14990 59 12 305 15014 44 11 306 15101 48 7 307 14909 46 9 308 15173 61 7 309 14783 44 6 310 15054 39 10 311 14632 45 7 312 14702 45 12 313 14470 48 9 314 14172 50 13 315 13746 65 8 316 13152 44 8 317 12939 63 11 318 12605 58 6 319 12659 53 5 320 12140 52 8 321 11862 49 7 322 11649 57 8 323 11445 45 7 324 11150 52 3 325 11227 63 4 326 11237 55 7 327 11056 41 7 328 11026 54 10 329 10854 59 16 330 11031 50 6 331 10895 62 8 332 10959 50 11 333 10951 63 6 334 10755 56 4 335 10486 58 8 336 10336 61 9 337 10321 54 7 338 10426 67 13 339 10317 55 10 340 10057 51 10 341 10234 63 13 342 10148 61 16 343 10071 55 9 344 9926 53 9 345 9964 70 3 346 9757 43 4 347 9725 61 11 348 9901 51 8 349 9580 35 11 350 9488 55 10 351 9224 46 5 352 9339 47 13 353 9075 52 9 354 9132 59 6 355 9019 51 9 356 8811 47 23 357 8756 68 11 358 8668 53 9 359 8845 65 4 360 8553 52 8 361 8344 49 10 362 8414 62 7 363 8258 66 10 364 8354 69 6 365 8086 47 3 366 8226 53 9 367 8114 50 12 368 7947 56 13 369 7714 53 13 370 7716 74 9 371 7543 64 3 372 7177 33 3 373 6997 57 8 374 6758 52 7 375 6622 57 7 376 6550 50 6 377 6413 67 8 378 6240 62 4 379 6093 62 11 380 6135 74 8 381 6123 65 11 382 5975 45 8 383 5973 55 2 384 5905 59 6 385 5827 57 8 386 5860 61 8 387 5824 58 9 388 5649 48 13 389 5609 40 10 390 5459 59 13 391 5449 49 9 392 5237 58 8 393 5200 46 10 394 4985 56 12 395 4951 54 11 396 4891 65 10 397 4766 59 9 398 4564 54 6 399 4678 54 12 400 4555 59 6 401 4535 47 7 402 4327 59 5 403 4297 59 9 404 4448 45 3 405 4139 66 8 406 4074 54 5 407 4018 54 8 408 3942 57 15 409 4006 51 9 410 3827 58 8 411 3837 53 11 412 3723 54 9 413 3589 51 7 414 3442 57 6 415 3540 53 13 416 3506 58 5 417 3503 69 12 418 3425 66 9 419 3342 55 7 420 3290 63 9 421 3216 48 7 422 3086 47 6 423 3054 58 9 424 3016 44 10 425 2906 50 9 426 2711 58 3 427 2553 58 6 428 2466 51 4 429 2373 51 9 430 2400 57 9 431 2272 54 6 432 2160 74 8 433 2110 60 7 434 2090 58 10 435 1875 50 5 436 1836 45 6 437 1805 43 9 438 1726 51 16 439 1630 67 6 440 1464 42 8 441 1528 59 6 442 1497 65 9 443 1396 48 7 444 1320 41 7 445 1333 53 5 446 1250 55 6 447 1292 45 3 448 1137 53 4 449 1174 54 8 450 1053 56 3 451 1022 63 7 452 977 50 8 453 993 62 9 454 895 60 7 455 870 55 13 456 917 50 8 457 887 58 7 458 839 41 4 459 871 58 1 460 919 66 10 461 856 61 5 462 874 69 8 463 847 53 12 464 864 53 8 465 850 58 10 466 892 60 3 467 849 68 2 468 759 45 8 469 736 61 9 470 674 67 8 471 630 60 5 472 565 56 4 473 571 51 5 474 553 68 7 475 562 67 6 476 553 49 15 477 476 64 7 478 470 56 7 479 467 54 4 480 426 57 7 481 454 65 6 482 449 61 8 483 467 47 6 484 519 64 4 485 489 55 7 486 485 58 4 487 497 54 8 488 480 77 6 489 442 77 7 490 427 60 13 491 337 66 8 492 354 55 5 493 329 70 6 494 328 49 5 495 331 66 8