# For BCF support, uncomment this and set the paths
#   
BCF=-I ~/cvs/samtools -L ~/cvs/samtools -L ~/cvs/samtools/bcftools -lbcf -lbam

CC=gcc -Wall # -ggdb -O0
LIB=-lm -lz
DEBUG=#-g

DIRS=utils

all: glf hapmap2bin bin2hapmap

ifdef BCF
glf: utils glf.o glfDump.o glfImport.o glfExtract.o glfMain.c glfSnpCall.o glfSoloPrior.o glfSubCall.o glfStats.o glfCheckGenotype.o tools.o bcfCheckGenotype.o
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -o glf glfMain.c glf.o tools.o utils/array.o utils/dict.o glfDump.o glfExtract.o glfSnpCall.o glfSoloPrior.o glfSubCall.o glfStats.o glfCheckGenotype.o glfImport.o $(LIB) bcfCheckGenotype.o $(BCF) 
else
glf: utils glf.o glfDump.o glfImport.o glfExtract.o glfMain.c glfSnpCall.o glfSoloPrior.o glfSubCall.o glfStats.o glfCheckGenotype.o tools.o bcfCheckGenotype.o
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -o glf glfMain.c glf.o tools.o utils/bgzf.o utils/array.o utils/dict.o glfDump.o glfExtract.o glfSnpCall.o glfSoloPrior.o glfSubCall.o glfStats.o glfCheckGenotype.o glfImport.o $(LIB) $(BCF) bcfCheckGenotype.o
endif

glf.o: glf.c glf.h
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -c glf.c

tools.o: tools.c tools.h
	$(CC) $(DEBUG) -c tools.c

glfDump.o: glfDump.c utils
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -c glfDump.c

glfImport.o: glfImport.c utils
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -c glfImport.c

glfExtract.o: glfExtract.c utils
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -c glfExtract.c

glfSnpCall.o: glfSnpCall.c utils
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -c glfSnpCall.c

glfSubCall.o: glfSubCall.c utils
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -c glfSubCall.c

glfSoloPrior.o: glfSoloPrior.c utils
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -c glfSoloPrior.c

glfStats.o: glfStats.c utils
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -c glfStats.c

glfCheckGenotype.o: glfCheckGenotype.c utils
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -c glfCheckGenotype.c

bcfCheckGenotype.o: bcfCheckGenotype.c utils
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -c bcfCheckGenotype.c $(BCF)

utils: force_update
	set -e; $(MAKE) -C utils DEBUG=$(DEBUG)

hapmap2bin: hapmap2bin.c utils tools.o
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -o hapmap2bin hapmap2bin.c utils/array.o utils/dict.o tools.o $(LIB)

bin2hapmap: bin2hapmap.c utils tools.o
	$(CC) $(DEBUG) -Iutils -o bin2hapmap bin2hapmap.c utils/array.o utils/dict.o tools.o $(LIB)

clean:
	rm -f *.o
	rm -f utils/*.o

force_update:
	true