CHR	BP	REF	ALT	NEW	TS	MAF	MAF_allele	Prop_missing_genotypes	Prop_missing_alleles	Allfreq_ref	Allfreq_alt	Genofreq_ref	Genofreq_het	Genofreq_alt	Allcount_ref	Allcount_alt	Genocount_ref	Genocount_het	Genocount_alt
Y	101728	A	G	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	119210	A	T	Y	N	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0	1	0	2	2	0	2	0
Y	266732	A	G	Y	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	267549	A	C	N	N	0.25	ALT	0.9	0.9	0.75	0.25	0.5	0.5	0	3	1	1	1	0
Y	290844	A	G	N	Y	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	386390	G	A	Y	Y	0.25	REF	0.8	0.8	0.25	0.75	0	0.5	0.5	2	6	0	2	2
Y	414932	G	A	Y	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	427065	C	T	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	427073	T	A	Y	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	427094	A	G	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	536745	C	A	Y	N	0.1	REF	0.75	0.75	0.1	0.9	0	0.2	0.8	1	9	0	1	4
Y	536755	C	A	N	N	0.125	REF	0.8	0.8	0.125	0.875	0	0.25	0.75	1	7	0	1	3
Y	536769	A	G	N	Y	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	689891	T	C	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	714480	T	C	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	715692	A	G	Y	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	1202596	C	T	Y	Y	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0	0.666666666666667	0.333333333333333	2	4	0	2	1
Y	1312635	A	C	N	N	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	1312645	T	C	N	Y	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	1312911	A	C	Y	N	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	1417802	T	C	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1465732	A	G	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1508429	C	T	Y	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	1517714	T	G	N	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	1586766	A	G	Y	Y	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0	1	0	2	2	0	2	0
Y	1619802	T	C	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1619922	G	A	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1619960	A	G	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1619973	A	G	N	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1666722	T	A	Y	N	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	1827635	A	G	Y	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2394226	A	G	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2576362	T	C	Y	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2578967	G	A	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2630123	A	G	N	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2630175	G	C	N	N	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	2630183	A	G	N	Y	0.25	ALT	0.9	0.9	0.75	0.25	0.5	0.5	0	3	1	1	1	0
Y	2630191	C	T	N	Y	0.125	REF	0.8	0.8	0.125	0.875	0	0.25	0.75	1	7	0	1	3
Y	2630431	A	T	N	N	0.0833333333333333	REF	0.7	0.7	0.0833333333333333	0.916666666666667	0	0.166666666666667	0.833333333333333	1	11	0	1	5
Y	2630929	A	G	N	Y	0	REF	0.9	0.9	0	1	0	0	1	0	4	0	0	2
Y	2635211	A	T	N	N	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	2635245	G	C	N	N	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0	0.666666666666667	0.333333333333333	2	4	0	2	1
Y	2635295	T	C	N	Y	0.166666666666667	REF	0.7	0.7	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	2	10	0	2	4
Y	2639825	A	G	Y	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2654994	G	A	N	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2655010	A	T	Y	N	0.333333333333333	ALT	0.7	0.7	0.666666666666667	0.333333333333333	0.333333333333333	0.666666666666667	0	8	4	2	4	0
Y	2655568	A	G	N	Y	0	REF	0.9	0.9	0	1	0	0	1	0	4	0	0	2