CHR	BP	REF	ALT	TS	MAF	MAF_allele	Prop_missing_genotypes	Prop_missing_alleles	Allfreq_ref	Allfreq_alt	Genofreq_ref	Genofreq_het	Genofreq_alt	Allcount_ref	Allcount_alt	Genocount_ref	Genocount_het	Genocount_alt
Y	101728	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	119210	A	T	N	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0	1	0	2	2	0	2	0
Y	266732	A	G	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	386390	G	A	Y	0.25	REF	0.8	0.8	0.25	0.75	0	0.5	0.5	2	6	0	2	2
Y	414932	G	A	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	427065	C	T	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	427073	T	A	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	427094	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	536745	C	A	N	0.1	REF	0.75	0.75	0.1	0.9	0	0.2	0.8	1	9	0	1	4
Y	689891	T	C	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	714480	T	C	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	715692	A	G	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	1202596	C	T	Y	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0	0.666666666666667	0.333333333333333	2	4	0	2	1
Y	1312911	A	C	N	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	1417802	T	C	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1465732	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1508429	C	T	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	1586766	A	G	Y	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0	1	0	2	2	0	2	0
Y	1619802	T	C	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1619922	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1619960	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1666722	T	A	N	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	1827635	A	G	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2394226	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2576362	T	C	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2578967	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2639825	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2655010	A	T	N	0.333333333333333	ALT	0.7	0.7	0.666666666666667	0.333333333333333	0.333333333333333	0.666666666666667	0	8	4	2	4	0