CHR	BP	REF	ALT	TS	MAF	MAF_allele	Prop_missing_genotypes	Prop_missing_alleles	Allfreq_ref	Allfreq_alt	Genofreq_ref	Genofreq_het	Genofreq_alt	Allcount_ref	Allcount_alt	Genocount_ref	Genocount_het	Genocount_alt
Y	101148	C	T	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	101245	A	T	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	268083	C	T	Y	0.25	ALT	0.8	0.8	0.75	0.25	0.5	0.5	0	6	2	2	2	0
Y	290861	A	T	N	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	332216	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	414970	G	T	N	0.25	ALT	0.9	0.9	0.75	0.25	0.5	0.5	0	3	1	1	1	0
Y	536675	T	G	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	612083	C	T	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	712662	G	A	Y	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	712667	A	G	Y	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	713203	T	C	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	714778	G	C	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	1075502	A	T	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1156425	T	G	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1312907	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1417782	G	C	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1541589	T	C	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1785528	A	T	N	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	1785533	T	C	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	1785549	A	T	N	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	1785557	T	C	Y	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	1785584	C	A	N	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	1785585	T	C	Y	0	REF	0.9	0.9	0	1	0	0	1	0	4	0	0	2
Y	1785640	A	C	N	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	1785649	T	C	Y	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	1785778	C	A	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1785783	T	G	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1785814	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1785844	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1785849	T	C	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2547295	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2621278	C	T	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2628668	T	A	N	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	2629071	G	C	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2629203	C	G	N	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	2629250	G	C	N	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	2629327	T	C	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2630062	T	A	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2630414	C	T	Y	0.125	REF	0.8	0.8	0.125	0.875	0	0.25	0.75	1	7	0	1	3
Y	2630585	G	A	Y	0.214285714285714	ALT	0.65	0.65	0.785714285714286	0.214285714285714	0.571428571428571	0.428571428571429	0	11	3	4	3	0
Y	2630592	C	T	Y	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	2630602	A	C	N	0.0625	REF	0.6	0.6	0.0625	0.9375	0	0.125	0.875	1	15	0	1	7
Y	2630615	C	G	N	0.1875	REF	0.6	0.6	0.1875	0.8125	0	0.375	0.625	3	13	0	3	5
Y	2632243	T	A	N	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0	1	0	2	2	0	2	0
Y	2633118	T	G	N	0.125	REF	0.8	0.8	0.125	0.875	0	0.25	0.75	1	7	0	1	3
Y	2633153	C	A	N	0.0625	REF	0.6	0.6	0.0625	0.9375	0	0.125	0.875	1	15	0	1	7
Y	2633203	T	G	N	0.4	REF	0.75	0.75	0.4	0.6	0	0.8	0.2	4	6	0	4	1
Y	2634640	G	A	Y	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0.333333333333333	0	0.666666666666667	2	4	1	0	2
Y	2634648	G	A	Y	0.25	REF	0.8	0.8	0.25	0.75	0.25	0	0.75	2	6	1	0	3
Y	2634669	G	T	N	0.25	REF	0.8	0.8	0.25	0.75	0.25	0	0.75	2	6	1	0	3
Y	2634672	G	A	Y	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0.333333333333333	0	0.666666666666667	2	4	1	0	2
Y	2634682	G	A	Y	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0.333333333333333	0	0.666666666666667	2	4	1	0	2
Y	2634685	G	A	Y	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0.333333333333333	0	0.666666666666667	2	4	1	0	2
Y	2635092	C	T	Y	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	2635093	A	G	Y	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	2635151	A	G	Y	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0	0.666666666666667	0.333333333333333	2	4	0	2	1
Y	2635346	C	T	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	2635829	G	A	Y	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	2635831	A	G	Y	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	2636026	T	C	Y	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	2636053	A	C	N	0.2	REF	0.75	0.75	0.2	0.8	0.2	0	0.8	2	8	1	0	4
Y	2636056	C	G	N	0.166666666666667	REF	0.7	0.7	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	2	10	0	2	4
Y	2636699	A	G	Y	0.5	ALT	0.7	0.7	0.5	0.5	0	1	0	6	6	0	6	0
Y	2638737	C	T	Y	0.1	REF	0.75	0.75	0.1	0.9	0	0.2	0.8	1	9	0	1	4
Y	2638889	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2638906	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2639091	G	C	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2639112	T	C	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2639120	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2639801	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2639855	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2655577	C	G	N	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0	0.666666666666667	0.333333333333333	2	4	0	2	1