CHR	BP	REF	ALT	TS	MAF	MAF_allele	Prop_missing_genotypes	Prop_missing_alleles	Allfreq_ref	Allfreq_alt	Genofreq_ref	Genofreq_het	Genofreq_alt	Allcount_ref	Allcount_alt	Genocount_ref	Genocount_het	Genocount_alt
Y	1312635	A	C	N	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	1312645	T	C	Y	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	1312647	G	A	Y	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	1312656	A	G	Y	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	1312659	G	A	Y	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	1312672	T	A	N	0.0555555555555556	REF	0.55	0.55	0.0555555555555556	0.944444444444444	0	0.111111111111111	0.888888888888889	1	17	0	1	8
Y	1313038	A	G	Y	0.0555555555555556	REF	0.1	0.1	0.0555555555555556	0.944444444444444	0	0.111111111111111	0.888888888888889	2	34	0	2	16
Y	1313039	T	G	N	0.0625	REF	0.2	0.2	0.0625	0.9375	0	0.125	0.875	2	30	0	2	14
Y	1475112	G	A	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	1517714	T	G	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	1785585	T	C	Y	0	REF	0.9	0.9	0	1	0	0	1	0	4	0	0	2
Y	2630960	G	T	N	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	2633118	T	G	N	0.125	REF	0.8	0.8	0.125	0.875	0	0.25	0.75	1	7	0	1	3
Y	2633203	T	G	N	0.4	REF	0.75	0.75	0.4	0.6	0	0.8	0.2	4	6	0	4	1
Y	2633217	C	G	N	0.416666666666667	REF	0.7	0.7	0.416666666666667	0.583333333333333	0	0.833333333333333	0.166666666666667	5	7	0	5	1
Y	2633335	C	G	N	0.0294117647058824	REF	0.15	0.15	0.0294117647058824	0.970588235294118	0	0.0588235294117647	0.941176470588235	1	33	0	1	16
Y	2633438	A	G	Y	0.0277777777777778	REF	0.1	0.1	0.0277777777777778	0.972222222222222	0	0.0555555555555556	0.944444444444444	1	35	0	1	17
Y	2633495	G	T	N	0.361111111111111	REF	0.1	0.1	0.361111111111111	0.638888888888889	0	0.722222222222222	0.277777777777778	13	23	0	13	5
Y	2633508	T	G	N	0.0277777777777778	REF	0.1	0.1	0.0277777777777778	0.972222222222222	0	0.0555555555555556	0.944444444444444	1	35	0	1	17
Y	2633510	A	G	Y	0.0277777777777778	REF	0.1	0.1	0.0277777777777778	0.972222222222222	0	0.0555555555555556	0.944444444444444	1	35	0	1	17
Y	2633519	A	C	N	0.0263157894736842	REF	0.05	0.05	0.0263157894736842	0.973684210526316	0	0.0526315789473684	0.947368421052632	1	37	0	1	18
Y	2633551	A	G	Y	0.0294117647058824	REF	0.15	0.15	0.0294117647058824	0.970588235294118	0	0.0588235294117647	0.941176470588235	1	33	0	1	16
Y	2633563	T	C	Y	0.0294117647058824	REF	0.15	0.15	0.0294117647058824	0.970588235294118	0	0.0588235294117647	0.941176470588235	1	33	0	1	16
Y	2633654	A	G	Y	0.392857142857143	REF	0.3	0.3	0.392857142857143	0.607142857142857	0	0.785714285714286	0.214285714285714	11	17	0	11	3
Y	2633661	T	A	N	0.433333333333333	REF	0.25	0.25	0.433333333333333	0.566666666666667	0.0666666666666667	0.733333333333333	0.2	13	17	1	11	3
Y	2633677	A	T	N	0.423076923076923	REF	0.35	0.35	0.423076923076923	0.576923076923077	0.0769230769230769	0.692307692307692	0.230769230769231	11	15	1	9	3
Y	2634640	G	A	Y	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0.333333333333333	0	0.666666666666667	2	4	1	0	2
Y	2634648	G	A	Y	0.25	REF	0.8	0.8	0.25	0.75	0.25	0	0.75	2	6	1	0	3
Y	2634672	G	A	Y	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0.333333333333333	0	0.666666666666667	2	4	1	0	2
Y	2634724	G	C	N	0.0384615384615385	REF	0.35	0.35	0.0384615384615385	0.961538461538462	0	0.0769230769230769	0.923076923076923	1	25	0	1	12
Y	2634730	G	C	N	0.0357142857142857	REF	0.3	0.3	0.0357142857142857	0.964285714285714	0	0.0714285714285714	0.928571428571429	1	27	0	1	13
Y	2635011	T	C	Y	0	REF	0.4	0.4	0	1	0	0	1	0	24	0	0	12
Y	2635053	G	A	Y	0.0454545454545455	REF	0.45	0.45	0.0454545454545455	0.954545454545455	0	0.0909090909090909	0.909090909090909	1	21	0	1	10
Y	2635062	T	A	N	0.0416666666666667	REF	0.4	0.4	0.0416666666666667	0.958333333333333	0	0.0833333333333333	0.916666666666667	1	23	0	1	11
Y	2635784	C	T	Y	0.1	REF	0.5	0.5	0.1	0.9	0	0.2	0.8	2	18	0	2	8
Y	2636213	A	C	N	0.0277777777777778	REF	0.1	0.1	0.0277777777777778	0.972222222222222	0	0.0555555555555556	0.944444444444444	1	35	0	1	17
Y	2637419	A	G	Y	0.0454545454545455	REF	0.45	0.45	0.0454545454545455	0.954545454545455	0	0.0909090909090909	0.909090909090909	1	21	0	1	10