CHR BP REF ALT NEW TS MAF MAF_allele Prop_missing_genotypes Prop_missing_alleles Allfreq_ref Allfreq_alt Genofreq_ref Genofreq_het Genofreq_alt Allcount_ref Allcount_alt Genocount_ref Genocount_het Genocount_alt Y 4121 A T Y N 0 REF 0.95 0.95 0 1 0 0 1 0 2 0 0 1 Y 4126 G C Y N 0 REF 0.9 0.9 0 1 0 0 1 0 4 0 0 2 Y 4135 C T Y Y 0 REF 0.9 0.9 0 1 0 0 1 0 4 0 0 2 Y 48346 A G Y Y 0 REF 0.55 0.55 0 1 0 0 1 0 18 0 0 9 Y 107551 T C Y Y 0 REF 0.75 0.75 0 1 0 0 1 0 10 0 0 5 Y 110798 G T Y N 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 123020 C A Y N 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 258077 G A Y Y 0 REF 0.65 0.65 0 1 0 0 1 0 14 0 0 7 Y 280315 C A Y N 0 REF 0.75 0.75 0 1 0 0 1 0 10 0 0 5 Y 285260 T G Y N 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 286196 A G Y Y 0 REF 0.8 0.8 0 1 0 0 1 0 8 0 0 4 Y 297527 A T Y N 0 REF 0.6 0.6 0 1 0 0 1 0 16 0 0 8 Y 309171 A C Y N 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 365189 A G Y Y 0 REF 0.8 0.8 0 1 0 0 1 0 8 0 0 4 Y 366026 A G Y Y 0 REF 0.55 0.55 0 1 0 0 1 0 18 0 0 9 Y 378930 T A Y N 0 REF 0.55 0.55 0 1 0 0 1 0 18 0 0 9 Y 387001 A G Y Y 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 388156 A C Y N 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 394997 A C Y N 0 REF 0.65 0.65 0 1 0 0 1 0 14 0 0 7 Y 428613 T A Y N 0 REF 0.65 0.65 0 1 0 0 1 0 14 0 0 7 Y 454571 C G Y N 0 REF 0.65 0.65 0 1 0 0 1 0 14 0 0 7 Y 455525 G A Y Y 0 REF 0.75 0.75 0 1 0 0 1 0 10 0 0 5 Y 467139 A G Y Y 0 REF 0.85 0.85 0 1 0 0 1 0 6 0 0 3 Y 473790 C A Y N 0 REF 0.8 0.8 0 1 0 0 1 0 8 0 0 4 Y 537011 C G Y N 0 REF 0.6 0.6 0 1 0 0 1 0 16 0 0 8 Y 544521 T C Y Y 0 REF 0.65 0.65 0 1 0 0 1 0 14 0 0 7 Y 572286 T C Y Y 0 REF 0.75 0.75 0 1 0 0 1 0 10 0 0 5 Y 700550 T G Y N 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 703153 C A Y N 0 REF 0.75 0.75 0 1 0 0 1 0 10 0 0 5 Y 721571 T G Y N 0 REF 0.8 0.8 0 1 0 0 1 0 8 0 0 4 Y 729803 A C Y N 0 REF 0.65 0.65 0 1 0 0 1 0 14 0 0 7 Y 794265 G C Y N 0 REF 0.8 0.8 0 1 0 0 1 0 8 0 0 4 Y 1312635 A C N N 0.111111111111111 ALT 0.55 0.55 0.888888888888889 0.111111111111111 0.888888888888889 0 0.111111111111111 16 2 8 0 1 Y 1312645 T C N Y 0.1 ALT 0.5 0.5 0.9 0.1 0.9 0 0.1 18 2 9 0 1 Y 1312647 G A N Y 0.1 ALT 0.5 0.5 0.9 0.1 0.9 0 0.1 18 2 9 0 1 Y 1312656 A G N Y 0.1 ALT 0.5 0.5 0.9 0.1 0.9 0 0.1 18 2 9 0 1 Y 1312659 G A N Y 0.1 ALT 0.5 0.5 0.9 0.1 0.9 0 0.1 18 2 9 0 1 Y 1312672 T A N N 0.1 ALT 0.5 0.5 0.9 0.1 0.9 0 0.1 18 2 9 0 1 Y 1312957 A G Y Y 0.111111111111111 ALT 0.55 0.55 0.888888888888889 0.111111111111111 0.888888888888889 0 0.111111111111111 16 2 8 0 1 Y 1312963 C T Y Y 0.125 ALT 0.6 0.6 0.875 0.125 0.875 0 0.125 14 2 7 0 1 Y 1312970 T C Y Y 0.125 ALT 0.6 0.6 0.875 0.125 0.875 0 0.125 14 2 7 0 1 Y 1312975 C T Y Y 0.125 ALT 0.6 0.6 0.875 0.125 0.875 0 0.125 14 2 7 0 1 Y 1313038 A G N Y 0.1 ALT 0.5 0.5 0.9 0.1 0.9 0 0.1 18 2 9 0 1 Y 1313039 T G N N 0.1 ALT 0.5 0.5 0.9 0.1 0.9 0 0.1 18 2 9 0 1 Y 1313076 T C Y Y 0.1 ALT 0.5 0.5 0.9 0.1 0.9 0 0.1 18 2 9 0 1 Y 1313078 G A Y Y 0.111111111111111 ALT 0.55 0.55 0.888888888888889 0.111111111111111 0.888888888888889 0 0.111111111111111 16 2 8 0 1 Y 1313194 A G Y Y 0.0909090909090909 ALT 0.45 0.45 0.909090909090909 0.0909090909090909 0.909090909090909 0 0.0909090909090909 20 2 10 0 1 Y 1313206 T C Y Y 0.0909090909090909 ALT 0.45 0.45 0.909090909090909 0.0909090909090909 0.909090909090909 0 0.0909090909090909 20 2 10 0 1 Y 1313214 A G Y Y 0.0909090909090909 ALT 0.45 0.45 0.909090909090909 0.0909090909090909 0.909090909090909 0 0.0909090909090909 20 2 10 0 1 Y 1313245 A T Y N 0.111111111111111 ALT 0.55 0.55 0.888888888888889 0.111111111111111 0.888888888888889 0 0.111111111111111 16 2 8 0 1 Y 1348321 A T Y N 0 REF 0.55 0.55 0 1 0 0 1 0 18 0 0 9 Y 1348322 A G Y Y 0 REF 0.55 0.55 0 1 0 0 1 0 18 0 0 9 Y 1389502 C A Y N 0 REF 0.95 0.95 0 1 0 0 1 0 2 0 0 1 Y 1422558 T C Y Y 0 REF 0.6 0.6 0 1 0 0 1 0 16 0 0 8 Y 1449484 A G Y Y 0 REF 0.65 0.65 0 1 0 0 1 0 14 0 0 7 Y 1475112 G A N Y 0 REF 0.75 0.75 0 1 0 0 1 0 10 0 0 5 Y 1479428 A G Y Y 0 REF 0.55 0.55 0 1 0 0 1 0 18 0 0 9 Y 1495962 T C Y Y 0 REF 0.85 0.85 0 1 0 0 1 0 6 0 0 3 Y 1497973 C T Y Y 0 REF 0.65 0.65 0 1 0 0 1 0 14 0 0 7 Y 1506378 A C Y N 0 REF 0.8 0.8 0 1 0 0 1 0 8 0 0 4 Y 1508429 C T Y Y 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 1510080 T C Y Y 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 1514660 C T Y Y 0 REF 0.55 0.55 0 1 0 0 1 0 18 0 0 9 Y 1517714 T G N N 0 REF 0.6 0.6 0 1 0 0 1 0 16 0 0 8 Y 1527466 T C Y Y 0 REF 0.6 0.6 0 1 0 0 1 0 16 0 0 8 Y 1539871 A G Y Y 0 REF 0.55 0.55 0 1 0 0 1 0 18 0 0 9 Y 1555559 T C Y Y 0 REF 0.6 0.6 0 1 0 0 1 0 16 0 0 8 Y 1635246 T C Y Y 0 REF 0.75 0.75 0 1 0 0 1 0 10 0 0 5 Y 1666722 T A Y N 0 REF 0.75 0.75 0 1 0 0 1 0 10 0 0 5 Y 1691930 G T Y N 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 1695772 T G Y N 0 REF 0.55 0.55 0 1 0 0 1 0 18 0 0 9 Y 1697088 A G Y Y 0 REF 0.5 0.5 0 1 0 0 1 0 20 0 0 10 Y 1698615 A G Y Y 0 REF 0.5 0.5 0 1 0 0 1 0 20 0 0 10 Y 1719813 T C Y Y 0 REF 0.5 0.5 0 1 0 0 1 0 20 0 0 10 Y 1730628 A G Y Y 0 REF 0.6 0.6 0 1 0 0 1 0 16 0 0 8 Y 1732557 A G Y Y 0.0555555555555556 REF 0.55 0.55 0.0555555555555556 0.944444444444444 0 0.111111111111111 0.888888888888889 1 17 0 1 8 Y 1732748 C T Y Y 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 1774595 T C Y Y 0 REF 0.65 0.65 0 1 0 0 1 0 14 0 0 7 Y 1777524 A G Y Y 0 REF 0.85 0.85 0 1 0 0 1 0 6 0 0 3 Y 1785585 T C N Y 0.375 REF 0.4 0.4 0.375 0.625 0 0.75 0.25 9 15 0 9 3 Y 1795056 G T Y N 0 REF 0.6 0.6 0 1 0 0 1 0 16 0 0 8 Y 1812690 A C Y N 0 REF 0.65 0.65 0 1 0 0 1 0 14 0 0 7 Y 1827635 A G Y Y 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 2451340 G A Y Y 0 REF 0.6 0.6 0 1 0 0 1 0 16 0 0 8 Y 2563622 T C Y Y 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 2565067 T C Y Y 0 REF 0.65 0.65 0 1 0 0 1 0 14 0 0 7 Y 2569684 A T Y N 0 REF 0.55 0.55 0 1 0 0 1 0 18 0 0 9 Y 2615115 T C Y Y 0 REF 0.5 0.5 0 1 0 0 1 0 20 0 0 10 Y 2630960 G T N N 0.444444444444444 REF 0.55 0.55 0.444444444444444 0.555555555555556 0 0.888888888888889 0.111111111111111 8 10 0 8 1 Y 2633072 C T Y Y 0.357142857142857 ALT 0.65 0.65 0.642857142857143 0.357142857142857 0.285714285714286 0.714285714285714 0 9 5 2 5 0 Y 2633118 T G N N 0.285714285714286 ALT 0.65 0.65 0.714285714285714 0.285714285714286 0.428571428571429 0.571428571428571 0 10 4 3 4 0 Y 2633203 T G N N 0.5 ALT 0.45 0.45 0.5 0.5 0.181818181818182 0.636363636363636 0.181818181818182 11 11 2 7 2 Y 2633217 C G N N 0.5 ALT 0.4 0.4 0.5 0.5 0.166666666666667 0.666666666666667 0.166666666666667 12 12 2 8 2 Y 2633317 T G N N 0.454545454545455 ALT 0.45 0.45 0.545454545454545 0.454545454545455 0.272727272727273 0.545454545454545 0.181818181818182 12 10 3 6 2 Y 2633335 C G N N 0.458333333333333 REF 0.4 0.4 0.458333333333333 0.541666666666667 0.0833333333333333 0.75 0.166666666666667 11 13 1 9 2 Y 2633438 A G N Y 0.305555555555556 REF 0.1 0.1 0.305555555555556 0.694444444444444 0.0555555555555556 0.5 0.444444444444444 11 25 1 9 8 Y 2633495 G T N N 0.384615384615385 REF 0.35 0.35 0.384615384615385 0.615384615384615 0.0769230769230769 0.615384615384615 0.307692307692308 10 16 1 8 4 Y 2633508 T G N N 0.375 REF 0.4 0.4 0.375 0.625 0.0833333333333333 0.583333333333333 0.333333333333333 9 15 1 7 4 Y 2633510 A G N Y 0.375 REF 0.4 0.4 0.375 0.625 0.0833333333333333 0.583333333333333 0.333333333333333 9 15 1 7 4 Y 2633519 A C N N 0.375 REF 0.4 0.4 0.375 0.625 0.0833333333333333 0.583333333333333 0.333333333333333 9 15 1 7 4 Y 2633551 A G N Y 0.388888888888889 REF 0.55 0.55 0.388888888888889 0.611111111111111 0.111111111111111 0.555555555555556 0.333333333333333 7 11 1 5 3 Y 2633563 T C N Y 0.4375 ALT 0.6 0.6 0.5625 0.4375 0.25 0.625 0.125 9 7 2 5 1 Y 2633654 A G N Y 0.357142857142857 REF 0.3 0.3 0.357142857142857 0.642857142857143 0.0714285714285714 0.571428571428571 0.357142857142857 10 18 1 8 5 Y 2633661 T A N N 0.357142857142857 REF 0.3 0.3 0.357142857142857 0.642857142857143 0.0714285714285714 0.571428571428571 0.357142857142857 10 18 1 8 5 Y 2633677 A T N N 0.333333333333333 REF 0.25 0.25 0.333333333333333 0.666666666666667 0.0666666666666667 0.533333333333333 0.4 10 20 1 8 6 Y 2634640 G A N Y 0.45 ALT 0.5 0.5 0.55 0.45 0.3 0.5 0.2 11 9 3 5 2 Y 2634648 G A N Y 0.461538461538462 REF 0.35 0.35 0.461538461538462 0.538461538461538 0.230769230769231 0.461538461538462 0.307692307692308 12 14 3 6 4 Y 2634672 G A N Y 0.458333333333333 REF 0.4 0.4 0.458333333333333 0.541666666666667 0.166666666666667 0.583333333333333 0.25 11 13 2 7 3 Y 2634717 A T Y N 0.45 REF 0.5 0.5 0.45 0.55 0.1 0.7 0.2 9 11 1 7 2 Y 2634724 G C N N 0.45 REF 0.5 0.5 0.45 0.55 0.1 0.7 0.2 9 11 1 7 2 Y 2634730 G C N N 0.5 ALT 0.5 0.5 0.5 0.5 0.2 0.6 0.2 10 10 2 6 2 Y 2634736 T C Y Y 0.5 ALT 0.55 0.55 0.5 0.5 0.222222222222222 0.555555555555556 0.222222222222222 9 9 2 5 2 Y 2635011 T C N Y 0.318181818181818 REF 0.45 0.45 0.318181818181818 0.681818181818182 0 0.636363636363636 0.363636363636364 7 15 0 7 4 Y 2635053 G A N Y 0.428571428571429 REF 0.65 0.65 0.428571428571429 0.571428571428571 0.142857142857143 0.571428571428571 0.285714285714286 6 8 1 4 2 Y 2635062 T A N N 0.416666666666667 REF 0.7 0.7 0.416666666666667 0.583333333333333 0.166666666666667 0.5 0.333333333333333 5 7 1 3 2 Y 2635784 C T N Y 0.454545454545455 ALT 0.45 0.45 0.545454545454545 0.454545454545455 0.272727272727273 0.545454545454545 0.181818181818182 12 10 3 6 2 Y 2636213 A C N N 0.0333333333333333 REF 0.25 0.25 0.0333333333333333 0.966666666666667 0 0.0666666666666667 0.933333333333333 1 29 0 1 14 Y 2637419 A G N Y 0.5 ALT 0.6 0.6 0.5 0.5 0.375 0.25 0.375 8 8 3 2 3 Y 2639825 A G Y Y 0 REF 0.7 0.7 0 1 0 0 1 0 12 0 0 6 Y 2665420 G A Y Y 0 REF 0.95 0.95 0 1 0 0 1 0 2 0 0 1