CHR	BP	REF	ALT	TS	MAF	MAF_allele	Prop_missing_genotypes	Prop_missing_alleles	Allfreq_ref	Allfreq_alt	Genofreq_ref	Genofreq_het	Genofreq_alt	Allcount_ref	Allcount_alt	Genocount_ref	Genocount_het	Genocount_alt
Y	1312635	A	C	N	0.111111111111111	ALT	0.55	0.55	0.888888888888889	0.111111111111111	0.888888888888889	0	0.111111111111111	16	2	8	0	1
Y	1312645	T	C	Y	0.1	ALT	0.5	0.5	0.9	0.1	0.9	0	0.1	18	2	9	0	1
Y	1312647	G	A	Y	0.1	ALT	0.5	0.5	0.9	0.1	0.9	0	0.1	18	2	9	0	1
Y	1312656	A	G	Y	0.1	ALT	0.5	0.5	0.9	0.1	0.9	0	0.1	18	2	9	0	1
Y	1312659	G	A	Y	0.1	ALT	0.5	0.5	0.9	0.1	0.9	0	0.1	18	2	9	0	1
Y	1312672	T	A	N	0.1	ALT	0.5	0.5	0.9	0.1	0.9	0	0.1	18	2	9	0	1
Y	1313038	A	G	Y	0.1	ALT	0.5	0.5	0.9	0.1	0.9	0	0.1	18	2	9	0	1
Y	1313039	T	G	N	0.1	ALT	0.5	0.5	0.9	0.1	0.9	0	0.1	18	2	9	0	1
Y	1475112	G	A	Y	0	REF	0.75	0.75	0	1	0	0	1	0	10	0	0	5
Y	1517714	T	G	N	0	REF	0.6	0.6	0	1	0	0	1	0	16	0	0	8
Y	1785585	T	C	Y	0.375	REF	0.4	0.4	0.375	0.625	0	0.75	0.25	9	15	0	9	3
Y	2630960	G	T	N	0.444444444444444	REF	0.55	0.55	0.444444444444444	0.555555555555556	0	0.888888888888889	0.111111111111111	8	10	0	8	1
Y	2633118	T	G	N	0.285714285714286	ALT	0.65	0.65	0.714285714285714	0.285714285714286	0.428571428571429	0.571428571428571	0	10	4	3	4	0
Y	2633203	T	G	N	0.5	ALT	0.45	0.45	0.5	0.5	0.181818181818182	0.636363636363636	0.181818181818182	11	11	2	7	2
Y	2633217	C	G	N	0.5	ALT	0.4	0.4	0.5	0.5	0.166666666666667	0.666666666666667	0.166666666666667	12	12	2	8	2
Y	2633317	T	G	N	0.454545454545455	ALT	0.45	0.45	0.545454545454545	0.454545454545455	0.272727272727273	0.545454545454545	0.181818181818182	12	10	3	6	2
Y	2633335	C	G	N	0.458333333333333	REF	0.4	0.4	0.458333333333333	0.541666666666667	0.0833333333333333	0.75	0.166666666666667	11	13	1	9	2
Y	2633438	A	G	Y	0.305555555555556	REF	0.1	0.1	0.305555555555556	0.694444444444444	0.0555555555555556	0.5	0.444444444444444	11	25	1	9	8
Y	2633495	G	T	N	0.384615384615385	REF	0.35	0.35	0.384615384615385	0.615384615384615	0.0769230769230769	0.615384615384615	0.307692307692308	10	16	1	8	4
Y	2633508	T	G	N	0.375	REF	0.4	0.4	0.375	0.625	0.0833333333333333	0.583333333333333	0.333333333333333	9	15	1	7	4
Y	2633510	A	G	Y	0.375	REF	0.4	0.4	0.375	0.625	0.0833333333333333	0.583333333333333	0.333333333333333	9	15	1	7	4
Y	2633519	A	C	N	0.375	REF	0.4	0.4	0.375	0.625	0.0833333333333333	0.583333333333333	0.333333333333333	9	15	1	7	4
Y	2633551	A	G	Y	0.388888888888889	REF	0.55	0.55	0.388888888888889	0.611111111111111	0.111111111111111	0.555555555555556	0.333333333333333	7	11	1	5	3
Y	2633563	T	C	Y	0.4375	ALT	0.6	0.6	0.5625	0.4375	0.25	0.625	0.125	9	7	2	5	1
Y	2633654	A	G	Y	0.357142857142857	REF	0.3	0.3	0.357142857142857	0.642857142857143	0.0714285714285714	0.571428571428571	0.357142857142857	10	18	1	8	5
Y	2633661	T	A	N	0.357142857142857	REF	0.3	0.3	0.357142857142857	0.642857142857143	0.0714285714285714	0.571428571428571	0.357142857142857	10	18	1	8	5
Y	2633677	A	T	N	0.333333333333333	REF	0.25	0.25	0.333333333333333	0.666666666666667	0.0666666666666667	0.533333333333333	0.4	10	20	1	8	6
Y	2634640	G	A	Y	0.45	ALT	0.5	0.5	0.55	0.45	0.3	0.5	0.2	11	9	3	5	2
Y	2634648	G	A	Y	0.461538461538462	REF	0.35	0.35	0.461538461538462	0.538461538461538	0.230769230769231	0.461538461538462	0.307692307692308	12	14	3	6	4
Y	2634672	G	A	Y	0.458333333333333	REF	0.4	0.4	0.458333333333333	0.541666666666667	0.166666666666667	0.583333333333333	0.25	11	13	2	7	3
Y	2634724	G	C	N	0.45	REF	0.5	0.5	0.45	0.55	0.1	0.7	0.2	9	11	1	7	2
Y	2634730	G	C	N	0.5	ALT	0.5	0.5	0.5	0.5	0.2	0.6	0.2	10	10	2	6	2
Y	2635011	T	C	Y	0.318181818181818	REF	0.45	0.45	0.318181818181818	0.681818181818182	0	0.636363636363636	0.363636363636364	7	15	0	7	4
Y	2635053	G	A	Y	0.428571428571429	REF	0.65	0.65	0.428571428571429	0.571428571428571	0.142857142857143	0.571428571428571	0.285714285714286	6	8	1	4	2
Y	2635062	T	A	N	0.416666666666667	REF	0.7	0.7	0.416666666666667	0.583333333333333	0.166666666666667	0.5	0.333333333333333	5	7	1	3	2
Y	2635784	C	T	Y	0.454545454545455	ALT	0.45	0.45	0.545454545454545	0.454545454545455	0.272727272727273	0.545454545454545	0.181818181818182	12	10	3	6	2
Y	2636213	A	C	N	0.0333333333333333	REF	0.25	0.25	0.0333333333333333	0.966666666666667	0	0.0666666666666667	0.933333333333333	1	29	0	1	14
Y	2637419	A	G	Y	0.5	ALT	0.6	0.6	0.5	0.5	0.375	0.25	0.375	8	8	3	2	3