CHR	BP	REF	ALT	TS	MAF	MAF_allele	Prop_missing_genotypes	Prop_missing_alleles	Allfreq_ref	Allfreq_alt	Genofreq_ref	Genofreq_het	Genofreq_alt	Allcount_ref	Allcount_alt	Genocount_ref	Genocount_het	Genocount_alt
Y	101092	C	T	Y	0.1	REF	0.75	0.75	0.1	0.9	0	0.2	0.8	1	9	0	1	4
Y	101148	C	T	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	101245	A	T	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	536675	T	G	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	536755	C	A	N	0.125	REF	0.8	0.8	0.125	0.875	0	0.25	0.75	1	7	0	1	3
Y	536769	A	G	Y	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	608572	C	T	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	1072671	A	G	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	1313070	T	A	N	0.0277777777777778	REF	0.1	0.1	0.0277777777777778	0.972222222222222	0	0.0555555555555556	0.944444444444444	1	35	0	1	17
Y	1785528	A	T	N	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	1785533	T	C	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	1785549	A	T	N	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	1785557	T	C	Y	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	1785574	A	C	N	0	REF	0.85	0.85	0	1	0	0	1	0	6	0	0	3
Y	1785584	C	A	N	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	1785640	A	C	N	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	1785649	T	C	Y	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	1785778	C	A	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1785783	T	G	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1785844	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	1785849	T	C	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2577244	T	C	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2628668	T	A	N	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	2629136	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2629138	T	A	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2629158	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2629161	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2629195	A	C	N	0.333333333333333	REF	0.85	0.85	0.333333333333333	0.666666666666667	0	0.666666666666667	0.333333333333333	2	4	0	2	1
Y	2629203	C	G	N	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	2629250	G	C	N	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	2629406	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2629410	A	T	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2630175	G	C	N	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	2630183	A	G	Y	0.25	ALT	0.9	0.9	0.75	0.25	0.5	0.5	0	3	1	1	1	0
Y	2630191	C	T	Y	0.125	REF	0.8	0.8	0.125	0.875	0	0.25	0.75	1	7	0	1	3
Y	2630207	T	C	Y	0.3	REF	0.75	0.75	0.3	0.7	0.2	0.2	0.6	3	7	1	1	3
Y	2630244	T	A	N	0.0625	REF	0.6	0.6	0.0625	0.9375	0	0.125	0.875	1	15	0	1	7
Y	2630262	G	T	N	0.0555555555555556	REF	0.55	0.55	0.0555555555555556	0.944444444444444	0	0.111111111111111	0.888888888888889	1	17	0	1	8
Y	2630461	T	C	Y	0.181818181818182	REF	0.45	0.45	0.181818181818182	0.818181818181818	0	0.363636363636364	0.636363636363636	4	18	0	4	7
Y	2630592	C	T	Y	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	2630602	A	C	N	0.0625	REF	0.6	0.6	0.0625	0.9375	0	0.125	0.875	1	15	0	1	7
Y	2630615	C	G	N	0.1875	REF	0.6	0.6	0.1875	0.8125	0	0.375	0.625	3	13	0	3	5
Y	2630652	C	A	N	0.1	REF	0.75	0.75	0.1	0.9	0	0.2	0.8	1	9	0	1	4
Y	2630763	T	G	N	0.0555555555555556	REF	0.55	0.55	0.0555555555555556	0.944444444444444	0	0.111111111111111	0.888888888888889	1	17	0	1	8
Y	2630776	G	T	N	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	2630805	C	A	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2630929	A	G	Y	0	REF	0.9	0.9	0	1	0	0	1	0	4	0	0	2
Y	2630957	G	C	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2632451	T	G	N	0.0588235294117647	REF	0.15	0.15	0.0588235294117647	0.941176470588235	0	0.117647058823529	0.882352941176471	2	32	0	2	15
Y	2632509	A	G	Y	0.0526315789473684	REF	0.05	0.05	0.0526315789473684	0.947368421052632	0	0.105263157894737	0.894736842105263	2	36	0	2	17
Y	2632678	T	G	N	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2632711	G	T	N	0.266666666666667	REF	0.25	0.25	0.266666666666667	0.733333333333333	0	0.533333333333333	0.466666666666667	8	22	0	8	7
Y	2632717	G	T	N	0.115384615384615	REF	0.35	0.35	0.115384615384615	0.884615384615385	0	0.230769230769231	0.769230769230769	3	23	0	3	10
Y	2632731	T	G	N	0.0625	REF	0.2	0.2	0.0625	0.9375	0	0.125	0.875	2	30	0	2	14
Y	2633132	A	C	N	0.125	REF	0.8	0.8	0.125	0.875	0	0.25	0.75	1	7	0	1	3
Y	2633138	T	C	Y	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	2633143	A	T	N	0.375	REF	0.8	0.8	0.375	0.625	0	0.75	0.25	3	5	0	3	1
Y	2633153	C	A	N	0.0625	REF	0.6	0.6	0.0625	0.9375	0	0.125	0.875	1	15	0	1	7
Y	2633347	G	A	Y	0.1	REF	0.25	0.25	0.1	0.9	0	0.2	0.8	3	27	0	3	12
Y	2634889	A	C	N	0.05	REF	0.5	0.5	0.05	0.95	0	0.1	0.9	1	19	0	1	9
Y	2634919	C	A	N	0.0384615384615385	REF	0.35	0.35	0.0384615384615385	0.961538461538462	0	0.0769230769230769	0.923076923076923	1	25	0	1	12
Y	2634936	C	T	Y	0.0294117647058824	REF	0.15	0.15	0.0294117647058824	0.970588235294118	0	0.0588235294117647	0.941176470588235	1	33	0	1	16
Y	2635018	A	C	N	0	REF	0.4	0.4	0	1	0	0	1	0	24	0	0	12
Y	2635025	A	T	N	0.0384615384615385	REF	0.35	0.35	0.0384615384615385	0.961538461538462	0	0.0769230769230769	0.923076923076923	1	25	0	1	12
Y	2635028	C	T	Y	0.0357142857142857	REF	0.3	0.3	0.0357142857142857	0.964285714285714	0	0.0714285714285714	0.928571428571429	1	27	0	1	13
Y	2635041	A	C	N	0.0416666666666667	REF	0.4	0.4	0.0416666666666667	0.958333333333333	0	0.0833333333333333	0.916666666666667	1	23	0	1	11
Y	2635076	A	C	N	0.05	REF	0.5	0.5	0.05	0.95	0	0.1	0.9	1	19	0	1	9
Y	2635080	C	T	Y	0.0625	REF	0.6	0.6	0.0625	0.9375	0	0.125	0.875	1	15	0	1	7
Y	2635092	C	T	Y	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	2635093	A	G	Y	0.0714285714285714	REF	0.65	0.65	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	1	13	0	1	6
Y	2635211	A	T	N	0.166666666666667	REF	0.85	0.85	0.166666666666667	0.833333333333333	0	0.333333333333333	0.666666666666667	1	5	0	1	2
Y	2635252	C	G	N	0	REF	0.85	0.85	0	1	0	0	1	0	6	0	0	3
Y	2635283	G	T	N	0.0833333333333333	REF	0.7	0.7	0.0833333333333333	0.916666666666667	0	0.166666666666667	0.833333333333333	1	11	0	1	5
Y	2635346	C	T	Y	0.25	REF	0.9	0.9	0.25	0.75	0	0.5	0.5	1	3	0	1	1
Y	2635467	G	A	Y	0.0555555555555556	REF	0.55	0.55	0.0555555555555556	0.944444444444444	0	0.111111111111111	0.888888888888889	1	17	0	1	8
Y	2635624	A	G	Y	0.0384615384615385	REF	0.35	0.35	0.0384615384615385	0.961538461538462	0	0.0769230769230769	0.923076923076923	1	25	0	1	12
Y	2635638	A	T	N	0.0769230769230769	REF	0.35	0.35	0.0769230769230769	0.923076923076923	0	0.153846153846154	0.846153846153846	2	24	0	2	11
Y	2635678	A	G	Y	0.0357142857142857	REF	0.3	0.3	0.0357142857142857	0.964285714285714	0	0.0714285714285714	0.928571428571429	1	27	0	1	13
Y	2635680	A	C	N	0.0357142857142857	REF	0.3	0.3	0.0357142857142857	0.964285714285714	0	0.0714285714285714	0.928571428571429	1	27	0	1	13
Y	2635695	T	A	N	0.0333333333333333	REF	0.25	0.25	0.0333333333333333	0.966666666666667	0	0.0666666666666667	0.933333333333333	1	29	0	1	14
Y	2635730	T	G	N	0.0625	REF	0.2	0.2	0.0625	0.9375	0	0.125	0.875	2	30	0	2	14
Y	2635738	C	T	Y	0.03125	REF	0.2	0.2	0.03125	0.96875	0	0.0625	0.9375	1	31	0	1	15
Y	2635758	C	T	Y	0.0333333333333333	REF	0.25	0.25	0.0333333333333333	0.966666666666667	0	0.0666666666666667	0.933333333333333	1	29	0	1	14
Y	2635773	T	G	N	0.0384615384615385	REF	0.35	0.35	0.0384615384615385	0.961538461538462	0	0.0769230769230769	0.923076923076923	1	25	0	1	12
Y	2635792	G	A	Y	0.111111111111111	REF	0.55	0.55	0.111111111111111	0.888888888888889	0	0.222222222222222	0.777777777777778	2	16	0	2	7
Y	2635817	T	G	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2636026	T	C	Y	0.5	ALT	0.9	0.9	0.5	0.5	0.5	0	0.5	2	2	1	0	1
Y	2636147	G	C	N	0.0666666666666667	REF	0.25	0.25	0.0666666666666667	0.933333333333333	0	0.133333333333333	0.866666666666667	2	28	0	2	13
Y	2636152	A	T	N	0.0333333333333333	REF	0.25	0.25	0.0333333333333333	0.966666666666667	0	0.0666666666666667	0.933333333333333	1	29	0	1	14
Y	2636194	G	C	N	0.0526315789473684	REF	0.05	0.05	0.0526315789473684	0.947368421052632	0	0.105263157894737	0.894736842105263	2	36	0	2	17
Y	2636201	T	A	N	0.0277777777777778	REF	0.1	0.1	0.0277777777777778	0.972222222222222	0	0.0555555555555556	0.944444444444444	1	35	0	1	17
Y	2636205	C	T	Y	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2636210	A	T	N	0.0277777777777778	REF	0.1	0.1	0.0277777777777778	0.972222222222222	0	0.0555555555555556	0.944444444444444	1	35	0	1	17
Y	2636241	T	G	N	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2636244	G	A	Y	0.0263157894736842	REF	0.05	0.05	0.0263157894736842	0.973684210526316	0	0.0526315789473684	0.947368421052632	1	37	0	1	18
Y	2636268	C	T	Y	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2636290	C	T	Y	0.05	REF	0	0	0.05	0.95	0	0.1	0.9	2	38	0	2	18
Y	2636342	A	C	N	0.0263157894736842	REF	0.05	0.05	0.0263157894736842	0.973684210526316	0	0.0526315789473684	0.947368421052632	1	37	0	1	18
Y	2636345	A	G	Y	0.0263157894736842	REF	0.05	0.05	0.0263157894736842	0.973684210526316	0	0.0526315789473684	0.947368421052632	1	37	0	1	18
Y	2636359	T	C	Y	0.0263157894736842	REF	0.05	0.05	0.0263157894736842	0.973684210526316	0	0.0526315789473684	0.947368421052632	1	37	0	1	18
Y	2636502	A	T	N	0.0625	REF	0.2	0.2	0.0625	0.9375	0	0.125	0.875	2	30	0	2	14
Y	2636539	G	T	N	0.0666666666666667	REF	0.25	0.25	0.0666666666666667	0.933333333333333	0	0.133333333333333	0.866666666666667	2	28	0	2	13
Y	2636553	C	A	N	0.0714285714285714	REF	0.3	0.3	0.0714285714285714	0.928571428571429	0	0.142857142857143	0.857142857142857	2	26	0	2	12
Y	2636574	C	G	N	0.0833333333333333	REF	0.4	0.4	0.0833333333333333	0.916666666666667	0	0.166666666666667	0.833333333333333	2	22	0	2	10
Y	2636762	A	C	N	0.0588235294117647	REF	0.15	0.15	0.0588235294117647	0.941176470588235	0	0.117647058823529	0.882352941176471	2	32	0	2	15
Y	2636785	C	T	Y	0.0555555555555556	REF	0.1	0.1	0.0555555555555556	0.944444444444444	0	0.111111111111111	0.888888888888889	2	34	0	2	16
Y	2636879	T	C	Y	0.03125	REF	0.2	0.2	0.03125	0.96875	0	0.0625	0.9375	1	31	0	1	15
Y	2636883	A	C	N	0.0263157894736842	REF	0.05	0.05	0.0263157894736842	0.973684210526316	0	0.0526315789473684	0.947368421052632	1	37	0	1	18
Y	2636936	C	T	Y	0.0263157894736842	REF	0.05	0.05	0.0263157894736842	0.973684210526316	0	0.0526315789473684	0.947368421052632	1	37	0	1	18
Y	2636937	G	T	N	0.0526315789473684	REF	0.05	0.05	0.0526315789473684	0.947368421052632	0	0.105263157894737	0.894736842105263	2	36	0	2	17
Y	2637042	C	T	Y	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2637295	T	G	N	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2637317	G	A	Y	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2637335	G	A	Y	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2637397	C	G	N	0.0357142857142857	REF	0.3	0.3	0.0357142857142857	0.964285714285714	0	0.0714285714285714	0.928571428571429	1	27	0	1	13
Y	2637652	T	G	N	0.05	REF	0	0	0.05	0.95	0	0.1	0.9	2	38	0	2	18
Y	2637712	C	A	N	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2637713	T	G	N	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2637737	G	A	Y	0.05	REF	0	0	0.05	0.95	0	0.1	0.9	2	38	0	2	18
Y	2637842	C	T	Y	0.0263157894736842	REF	0.05	0.05	0.0263157894736842	0.973684210526316	0	0.0526315789473684	0.947368421052632	1	37	0	1	18
Y	2637885	A	C	N	0.05	REF	0	0	0.05	0.95	0	0.1	0.9	2	38	0	2	18
Y	2637902	A	C	N	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2638414	T	G	N	0.0263157894736842	REF	0.05	0.05	0.0263157894736842	0.973684210526316	0	0.0526315789473684	0.947368421052632	1	37	0	1	18
Y	2638493	T	C	Y	0.0555555555555556	REF	0.55	0.55	0.0555555555555556	0.944444444444444	0	0.111111111111111	0.888888888888889	1	17	0	1	8
Y	2638507	T	G	N	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2638622	A	G	Y	0.025	REF	0	0	0.025	0.975	0	0.05	0.95	1	39	0	1	19
Y	2638636	T	A	N	0.0263157894736842	REF	0.05	0.05	0.0263157894736842	0.973684210526316	0	0.0526315789473684	0.947368421052632	1	37	0	1	18
Y	2638658	T	C	Y	0.0294117647058824	REF	0.15	0.15	0.0294117647058824	0.970588235294118	0	0.0588235294117647	0.941176470588235	1	33	0	1	16
Y	2638680	C	T	Y	0.363636363636364	REF	0.45	0.45	0.363636363636364	0.636363636363636	0	0.727272727272727	0.272727272727273	8	14	0	8	3
Y	2638833	A	G	Y	0.1	REF	0.75	0.75	0.1	0.9	0	0.2	0.8	1	9	0	1	4
Y	2638889	A	G	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2638906	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2639855	G	A	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2639889	T	C	Y	0.5	ALT	0.95	0.95	0.5	0.5	0	1	0	1	1	0	1	0
Y	2645489	G	A	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2645932	G	C	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2645955	G	T	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2645985	A	G	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2646046	A	G	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2646048	T	A	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2646108	T	G	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2646130	A	C	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2646152	T	C	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2661114	A	G	Y	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2796070	T	G	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1