CHR	BP	REF	ALT	TS	MAF	MAF_allele	Prop_missing_genotypes	Prop_missing_alleles	Allfreq_ref	Allfreq_alt	Genofreq_ref	Genofreq_het	Genofreq_alt	Allcount_ref	Allcount_alt	Genocount_ref	Genocount_het	Genocount_alt
Y	57316	A	T	N	0	REF	0.65	0.65	0	1	0	0	1	0	14	0	0	7
Y	114503	T	C	Y	0	REF	0.7	0.7	0	1	0	0	1	0	12	0	0	6
Y	288844	A	G	Y	0	REF	0.65	0.65	0	1	0	0	1	0	14	0	0	7
Y	371900	G	C	N	0	REF	0.65	0.65	0	1	0	0	1	0	14	0	0	7
Y	481197	G	A	Y	0	REF	0.9	0.9	0	1	0	0	1	0	4	0	0	2
Y	610336	T	C	Y	0	REF	0.8	0.8	0	1	0	0	1	0	8	0	0	4
Y	611885	A	G	Y	0	REF	0.8	0.8	0	1	0	0	1	0	8	0	0	4
Y	713106	A	G	Y	0	REF	0.55	0.55	0	1	0	0	1	0	18	0	0	9
Y	713433	A	G	Y	0	REF	0.45	0.45	0	1	0	0	1	0	22	0	0	11
Y	1417372	T	C	Y	0	REF	0.75	0.75	0	1	0	0	1	0	10	0	0	5
Y	1423458	G	C	N	0	REF	0.7	0.7	0	1	0	0	1	0	12	0	0	6
Y	1431827	T	C	Y	0	REF	0.55	0.55	0	1	0	0	1	0	18	0	0	9
Y	1433937	G	A	Y	0	REF	0.85	0.85	0	1	0	0	1	0	6	0	0	3
Y	1441326	C	A	N	0.4	ALT	0.5	0.5	0.6	0.4	0.6	0	0.4	12	8	6	0	4
Y	1441695	G	A	Y	0	REF	0.65	0.65	0	1	0	0	1	0	14	0	0	7
Y	1443782	T	C	Y	0	REF	0.7	0.7	0	1	0	0	1	0	12	0	0	6
Y	1443822	A	G	Y	0	REF	0.75	0.75	0	1	0	0	1	0	10	0	0	5
Y	1444070	G	A	Y	0	REF	0.9	0.9	0	1	0	0	1	0	4	0	0	2
Y	1444166	T	G	N	0	REF	0.7	0.7	0	1	0	0	1	0	12	0	0	6
Y	1445525	T	A	N	0	REF	0.6	0.6	0	1	0	0	1	0	16	0	0	8
Y	1447608	T	C	Y	0	REF	0.55	0.55	0	1	0	0	1	0	18	0	0	9
Y	1449268	A	T	N	0	REF	0.65	0.65	0	1	0	0	1	0	14	0	0	7
Y	1474022	A	G	Y	0	REF	0.6	0.6	0	1	0	0	1	0	16	0	0	8
Y	1474248	A	G	Y	0	REF	0.6	0.6	0	1	0	0	1	0	16	0	0	8
Y	1474306	G	T	N	0	REF	0.55	0.55	0	1	0	0	1	0	18	0	0	9
Y	1536531	A	G	Y	0	REF	0.6	0.6	0	1	0	0	1	0	16	0	0	8
Y	1536875	T	G	N	0	REF	0.65	0.65	0	1	0	0	1	0	14	0	0	7
Y	1556012	T	C	Y	0	REF	0.6	0.6	0	1	0	0	1	0	16	0	0	8
Y	1604068	T	G	N	0	REF	0.5	0.5	0	1	0	0	1	0	20	0	0	10
Y	1762652	T	C	Y	0	REF	0.65	0.65	0	1	0	0	1	0	14	0	0	7
Y	2485151	A	T	N	0	REF	0.95	0.95	0	1	0	0	1	0	2	0	0	1
Y	2547244	G	T	N	0	REF	0.7	0.7	0	1	0	0	1	0	12	0	0	6
Y	2612488	C	T	Y	0	REF	0.7	0.7	0	1	0	0	1	0	12	0	0	6
Y	2612662	A	G	Y	0	REF	0.8	0.8	0	1	0	0	1	0	8	0	0	4
Y	2613478	T	C	Y	0	REF	0.7	0.7	0	1	0	0	1	0	12	0	0	6
Y	2618365	T	C	Y	0	REF	0.8	0.8	0	1	0	0	1	0	8	0	0	4
Y	2628320	C	G	N	0.375	ALT	0.6	0.6	0.625	0.375	0.25	0.75	0	10	6	2	6	0
Y	2628964	G	A	Y	0	REF	0.9	0.9	0	1	0	0	1	0	4	0	0	2
Y	2630446	T	C	Y	0	REF	0.6	0.6	0	1	0	0	1	0	16	0	0	8
Y	2630790	T	G	N	0.416666666666667	ALT	0.4	0.4	0.583333333333333	0.416666666666667	0.25	0.666666666666667	0.0833333333333333	14	10	3	8	1
Y	2631029	A	G	Y	0.375	REF	0.4	0.4	0.375	0.625	0	0.75	0.25	9	15	0	9	3
Y	2632028	A	T	N	0	REF	0.55	0.55	0	1	0	0	1	0	18	0	0	9
Y	2632291	C	A	N	0	REF	0.2	0.2	0	1	0	0	1	0	32	0	0	16
Y	2633460	C	T	Y	0.323529411764706	REF	0.15	0.15	0.323529411764706	0.676470588235294	0.0588235294117647	0.529411764705882	0.411764705882353	11	23	1	9	7
Y	2633487	G	T	N	0.384615384615385	REF	0.35	0.35	0.384615384615385	0.615384615384615	0.0769230769230769	0.615384615384615	0.307692307692308	10	16	1	8	4
Y	2633605	G	C	N	0.5	ALT	0.6	0.6	0.5	0.5	0.125	0.75	0.125	8	8	1	6	1
Y	2633622	T	A	N	0.375	REF	0.4	0.4	0.375	0.625	0.0833333333333333	0.583333333333333	0.333333333333333	9	15	1	7	4
Y	2633625	A	G	Y	0.416666666666667	REF	0.4	0.4	0.416666666666667	0.583333333333333	0.0833333333333333	0.666666666666667	0.25	10	14	1	8	3
Y	2633696	A	G	Y	0.423076923076923	REF	0.35	0.35	0.423076923076923	0.576923076923077	0.153846153846154	0.538461538461538	0.307692307692308	11	15	2	7	4
Y	2633712	A	C	N	0.45	ALT	0.5	0.5	0.55	0.45	0.2	0.7	0.1	11	9	2	7	1
Y	2634626	A	C	N	0.5	ALT	0.5	0.5	0.5	0.5	0.2	0.6	0.2	10	10	2	6	2
Y	2634632	G	A	Y	0.5	ALT	0.55	0.55	0.5	0.5	0.222222222222222	0.555555555555556	0.222222222222222	9	9	2	5	2
Y	2636188	C	T	Y	0.269230769230769	REF	0.35	0.35	0.269230769230769	0.730769230769231	0	0.538461538461538	0.461538461538462	7	19	0	7	6
Y	2638798	C	A	N	0.416666666666667	REF	0.4	0.4	0.416666666666667	0.583333333333333	0.0833333333333333	0.666666666666667	0.25	10	14	1	8	3
Y	2638937	C	A	N	0.458333333333333	REF	0.4	0.4	0.458333333333333	0.541666666666667	0.166666666666667	0.583333333333333	0.25	11	13	2	7	3
Y	2639112	T	C	Y	0.458333333333333	ALT	0.4	0.4	0.541666666666667	0.458333333333333	0.25	0.583333333333333	0.166666666666667	13	11	3	7	2
Y	2639143	G	T	N	0.5	ALT	0.4	0.4	0.5	0.5	0.25	0.5	0.25	12	12	3	6	3
Y	2639150	G	T	N	0.375	ALT	0.4	0.4	0.625	0.375	0.333333333333333	0.583333333333333	0.0833333333333333	15	9	4	7	1
Y	2639292	G	T	N	0	REF	0.8	0.8	0	1	0	0	1	0	8	0	0	4
Y	2668059	C	G	N	0	REF	0.9	0.9	0	1	0	0	1	0	4	0	0	2
Y	2668125	T	A	N	0	REF	0.85	0.85	0	1	0	0	1	0	6	0	0	3
Y	2678014	T	G	N	0	REF	0.8	0.8	0	1	0	0	1	0	8	0	0	4
Y	2678883	A	G	Y	0	REF	0.65	0.65	0	1	0	0	1	0	14	0	0	7